Antes do Mortal Kombat, Quan Chi estava atrás de um "Mapa dos Elementos", que levaria ao amuleto do Shinnok. Para isso, ele contratou os serviços do clã ninja Lin Kuei, e Sub-Zero foi enviado atrás do mapa. Porém, Quan Chi não queria correr riscos e também contratou o clã ninja Shirai Ryu, de Scorpion, como um "plano B". Quando Sub-Zero chegou na porta do templo, Scorpion apareceu, dizendo que ele ia conseguir o mapa pelo clã dele e correu em direção ao templo. Os dois acabaram encontrando o mapa ao mesmo tempo e resolveram o impasse com um combate. Sub-Zero venceu e matou Scorpion, apesar dos pedidos de clemência. Como um gesto de gratidão aos Lin Kuei, Quan Chi massacrou os membros do Shirai Ryu e a família de Scorpion. Quan Chi tinha mais uma missão para os Lin Kuei: buscar o amuleto mostrado no mapa. Depois de conseguir o amuleto e entregá-lo a Quan Chi, Sub-Zero é visitado por Raiden, que o alerta sobre o erro que ele acabara de cometer ao dar o amuleto. Raiden ordenou que Sub-Zero recuperasse o amuleto para salvar Earthrealm. Sub-Zero vai a Netherrealm. Lá, ele reencontra Scorpion que agora é um espectro consumido pelo ódio e desejo de vingança. Scorpion pergunta por que Sub-Zero matou ele, seu clã e sua família e Sub-Zero responde que matou Scorpion porque era assim que tinha que ser, mas não tinha matado nem seu clã nem sua família. Eles lutam novamente, Sub-Zero vence e recupera o amuleto das mãos de Quan Chi e Shinnok. Em seguida, retorna a Earthrealm com a ajuda de Raiden. Durante o torneio de Shang Tsung (Mortal Kombat), Scorpion consegue sair de Netherrealm e entra no torneio. Dessa vez, ele derrota e mata Sub-Zero. Sem mais assuntos inacabados, Scorpion vira cinzas e retorna para os confins de Netherrealm.
Sub-Zero também foi levado a Netherrealm. Lá, ele conheceu o clã ninja Irmandade das Sombras e deixou de ser Sub-Zero, tornando-se Noob Saibot. A mando de Shinnok, Noob espreitou no torneio de Outworld (Mortal Kombat II). Nessa mesma época, Scorpion ficou sabendo que de alguma forma Sub-Zero estava de volta ao torneio. Scorpion sai de Netherrealm novamente para participar do torneio. Em Outworld, ele fica surpreso ao presenciar Sub-Zero vencer um inimigo e poupar sua vida. Scorpion e Sub-Zero finalmente se reencontram para lutar, e Scorpion vence. Porém durante a luta ele percebe que aquele não é o mesmo Sub-Zero que o tinha matado anteriormente, mas sim o irmão mais novo dele que continuava o legado. Scorpion poupa a vida do novo Sub-Zero e desaparece, prometendo protegê-lo como forma de se redimir pelo seu ato de vingança.
Durante o ataque do imperador Shao Kahn a Earthrealm (Mortal Kombat Trilogy), ele tentou roubar as almas de Netherrealm, sem sucesso. Isso permitiu que Scorpion saísse do Netherrealm novamente. Shao Kahn ofereceu manter Scorpion fora de Netherrealm caso ele se unisse às forças de Outworld. Scorpion aceitou, até o dia que viu entre os guerreiros de Earthrealm um homem com uma cicatriz vermelha no olho. Scorpion reconheceu Sub-Zero e lembrou-se da promessa que havia feito de protegê-lo, virando-se contra Shao Kahn. Ele acabou retornando ao Netherrealm. Noob Saibot fica temporiariamente sob o comando de Shao Kahn, a mando de Shinnok, que planejava atacar Kahn assim que suas forças estivessem enfraquecidas. Porém, o plano de Shinnok não funcionou, já que Kahn tinha sido derrotado pelos guerreiros de Earthrealm. Sub-Zero escapou da tentativa do seu clã, Lin Kuei, de transformá-lo em um cyborg, mas acabou virando alvo de Cyrax, Sektor e Smoke, que não tiveram a mesma sorte. Ele venceu Cyrax, mas ao invés de matá-lo, reprogamou-o para que ele fosse atrás de Shao Kahn.
Durante a ameaça de Shinnok (Mortal Kombat 4, Gold), Quan Chi fala a Scorpion que o responsável pela morte de sua família é o jovem Sub-Zero. Scorpion entra no torneio para vingar sua família. Embora Sub-Zero sustentava um ódio pelos Lin Kuei, ele voltou a usar o uniforme ninja em respeito ao irmão mais velho. Scorpion e Sub-Zero se enfrentam novamente, e Scorpion leva a melhor. Enquanto Sub-Zero está caído, Scorpion fala que finalmente vai vingar a morte da sua família e seu clã. Sub-Zero jura que não é o responsável pelas mortes. Quan Chi aparece e fala que Sub-Zero fala a verdade, e que Scorpion é apenas um instrumento para matar os irmãos Sub-Zero e que ele não era mais necessário. Quan Chi envia Scorpion de volta a Netherrealm, mas Scorpion leva Quan Chi com ele enquanto rugia "NEVER!".
Durante a ameaça da Aliança Mortal (Mortal Kombat: Deadly Alliance), Noob Saibot estava ao lado das forças de Shao Kahn. Ele foi o responsavel pela morte de Goro. Scorpion estava atrás de Quan Chi, que se aliou a dois onis, Moloch e Drahmin. Ao chegar no palácio de Shang Tsung, Scorpion lutou contra os dois ao mesmo tempo e acabou sendo lançado no Soulnado, o tornado de almas de Shang Tsung. Sub-Zero havia derrotado Sektor e ganhou o direito de ser o Grande Mestre dos Lin Kuei. Ele ganhou a Medalhão do Dragão, que aumentou seus frios poderes. Com a ambição de transformar o Lin Kuei em uma força do bem, Sub-Zero organizou um torneio para recrutar novos membros. A vencedora foi Frost. Raiden apareceu e pediu o auxílio de Sub-Zero contra a Aliança Mortal, que havia matado Liu Kang. Ele e Frost se uniram aos guerreiros de Earthrealm. Em um certo ponto os dois se separaram do grupo. Frost traiu Sub-Zero e roubou o Medalhão do Dragão. Porém, cega pela sua tola ambição, o poder do Medalhão era demais para ela e a congelou. Sub-Zero a perdoou e decidiu buscar uma sepultura digna para ela.
Durante o retorno do Rei Dragão, Onaga (Mortal Kombat: Deception), Scorpion consegui escapar do Soulnado através de um "vácuo". De alguma forma, ele foi levado ao Nexus, à presença dos Deuses Anciões. Eles transformaram Scorpion em seu campeão para impedir Onaga. Noob Saibot encontrou Smoke desativado e se uniu a ele, ambos tentam dominar Netherrealm, mas Ashrah frustrou os planos deles. Em Outworld, Sub-Zero encontrou as catacumbas de uma raça antiga que conseguia controlar o gelo. Após investigar, descobriu que ele e Frost faziam parte dessa raça. Sub-Zero sepultou Frost naquele lugar e vestiu uma armadura pertencente àquele povo. Pouco tempo depois, Sub-Zero foi atacado por uma horda de tarkatans (raça de Baraka) em Living Forest. Ele decidiu que morreria lutando, mas com o auxílio da armadura, Sub-Zero aproveitou até seu último sopro e conseguiu vencer todos os inimigos. Hotaru enfrentou Sub-Zero, mas foi derrotado. Sub-Zero encontrou Kenshi quase morto e salvou sua vida. Ambos se uniram para fugir de Outworld. Quando estavam quase fugindo, Hotaru os surpreendeu novamente. Kenshi não foi afetado pelo golpe ofuscante de Hotaru e o matou. Kenshi e Sub-Zero conseguiram escapar e se reuniram com os outros guerreiros. No final, Shujinko, principal responsável pelo retorno de Onaga e que havia recebido a habilidade de absorver poderes de outros lutadores do mesmo, planejou e reuniu todos os lutadores em um único lugar e absorveu seus poderes. Com essa poderosa energia, o Rei Dragão não teve chance alguma.
